Las funciones son:

1. La realización de los estudios y propuestas en materia de programación de recursos humanos del organismo, de política de selección de personal y de provisión de puestos de trabajo de la misma, así como la elaboración de las propuestas de modificación de la relación de puestos de trabajo y su elevación a los directores técnico y especial de las propuestas de aprobaciones y modificaciones.
2. La elaboración de los planes de formación del personal del organismo y la dirección de su ejecución.
3. Las relaciones laborales, el estudio y negociación de los Convenios del personal laboral, así como las condiciones de trabajo y la acción social. La elaboración de los criterios en materia de retribuciones del personal y de los sistemas de incentivación.
4. La tramitación de los recursos en materia de personal, sin perjuicio de las competencias del Servicio Jurídico del Estado, así como la tramitación, en su caso, de los asuntos disciplinarios.
5. La elaboración del anteproyecto de presupuesto de la Agencia y el seguimiento y control de la ejecución del mismo. La gestión de la contabilidad de los ingresos públicos y la interna de la Agencia.
6. La realización de los cobros y pagos, la gestión de tesorería y las demás funciones financieras derivadas de la ejecución del presupuesto de la Agencia.
7. Las restantes que tenga atribuidas por las normas en vigor.